Cuối cùng, khi sắc đẹp tàn phai, Vương hậu Marguerite sống gần như nghèo khổ do bị các chủ nợ bóc lột tới mức bà phải bán toàn bộ nữ trang. Đã hoà giải với ông chồng cũ và bà vợ sau của ông ta, Vương hậu Marie de' Medici, sau đó Marguerite quay trở lại Paris và trở thành một cố vấn nghệ thuật và người làm từ thiện cho những người nghèo khổ. Bà thường giúp tổ chức các sự kiện trong triều đình và dạy dỗ các con của Henry IV cùng Marie.

Ngày 27 tháng 5 năm 1615, Margurite mất tại Paris và được chôn cất tại Nhà thờ dòng họ Valois. Hàng nghìn người đã tới dự lễ tang bà. Vương hậu rất được cảm mến vì bà là người cuối cùng của triều đại Valois.